Wangchuk Dorje (1556-1603) was de negende Gyalwa Karmapa, hoofd van de Kagyu school van het Tibetaans boeddhisme.
Wangchuk Dorje was in Treshod, Kham geboren. Naar verluid zei hij na zijn geboorte: "Ik ben de Karmapa." Hij werd op achtjarige leeftijd door de vijfde Shamarpa opgeleid in een nomadisch kamp, dat door Tibet reisde en ook door Mongolië en Bhutan trok. Onderweg werden vele kloosters gesticht en heeft hij veel boeddhistische teksten geschreven, waarvan vele nog steeds worden gebruikt.
Wangchuk Dorje was niet alleen geestelijk leider, maar was ook een bemiddelaar in conflicten. Hij werd door de koning van Sikkim uitgenodigd en heeft daar drie kloosters gesticht waaronder een klooster in Rumtek, waar zich tegenwoordig na de Chinese bezetting van Tibet het belangrijkste klooster van de linie bevindt.
Aan het eind van zijn leven werd Yonten Gyatso als vierde Dalai Lama geïnstalleerd door de Mongolen. Wangchuk Dorje probeerde samen met de afvallige Gelugpa monniken de macht over Lhasa te heroveren. Hierbij werden kloosters veroverd en overleed Yonten Gyatso onder verdachte omstandigheden. Tijdens het bewind van de volgende Karmapa leidde dit opnieuw tot een burgeroorlog waarbij de Karmapa Tibet moest ontvluchtten.